Content uploaded by Viachaslau Kipen
Author content
All content in this area was uploaded by Viachaslau Kipen on Mar 22, 2019
Content may be subject to copyright.
ОПРЕДЕЛЕНИЕ «НОВЫХ» SNP, ОБЛАДАЮЩИХ ДИФФЕРЕНЦИРУЮЩЕЙ СПОСОБНОСТЬЮ ДЛЯ РАЗЛИЧЕНИЯ ОСОБЕЙ SUS SCROFA DOMESTICUS И SUS SCROFA SCROFA
Abstract
Введение. Кабан европейский (Sus scrofa scrofa) является наиболее распространенным объектом, в отношении которого фиксируются факты незаконной охоты на территории Республики Беларусь. В ГУ «Научно-практический центр Государственного комитета судебных экспертиз Республики Беларусь» (Минск, Республика Беларусь) с 2015 г. проводятся экспертные исследования по фактам браконьерства в отношении вида Sus scrofa scrofa с использованием метода ПДРФ-ПЦР. По состоянию на конец 2016 г. решение задачи по дифференциации дикого кабана от домашней свиньи осуществляется посредством анализа двух SNP: c.367G>A (MC1R) и g.299084751C>T (NR6A1). Точность дифференциации в этом случае составляет не менее 98,3%.
В то же время, как было первоначально показано в исследовании [1] и впоследствии подтверждено нами [2] с помощью биоинформатического анализа данных полногеномных проектов по секвенированию образцов вида Sus scrofa, существует достаточно большое количество альтернативных SNP, пригодных для решения той же задачи. Исследование полиморфных вариантов c.367G>A (MC1R) и g.299084751C>T (NR6A1) нашло свое развитие, в первую очередь, в контексте того факта, что эффект от нуклеотидных замен в данных локусах ассоциирован с фенотипическим проявлением: для MC1R – окрас кожи и волосяного покрова [3], для NR6A1 – различное количество позвонков [4]. Однако значимые (т.е. пригодные для решения конкретной задачи, в нашем случае – дифференциация дикого кабана от домашней свиньи) миссенс-замены встречаются значительно реже, чем замены в интронных областях. Основное внимание при поиске «новых» SNP как раз и было сосредоточено на них, тем более что в существующих коммерческих чипах средней и высокой плотности (Pig_GSeek80K, Pig_Affy650k, Pig_Illu60Kv1, Pig_Illu60Kv2) они также количественно превалируют.
Цель и задачи. С учетом ранее полученных результатов [2] по анализу полиморфных вариантов из чипа Pig_Illu60K (Illumina) для образцов дикого кабана (24 шт.) и домашней свиньи (породы крупная белая, ландрас, дюрок, пьетрен, мейшань – 91 шт.), оценить дифференцирующий потенциал 25 SNP, расположенных на X-хромосоме в диапазоне 56716179-63109515.
... Из 49 SNP отобраны 8 полиморфных вариантов с наибольшим дифференцирующим потенциалом. Полученные результаты будут использованы в дальнейшем анализе с использованием метода многомерного сокращения размерности (MDR, Multifactor dimensionality reduction) по схеме, предложенной в [3,4]. ...
Введение. Ориентальная короткошерстная кошка выведена в Великобритании в 1903 году и полностью признана как отдельная порода в 1923 году. Стройная, гибкая кошка с хорошо развитой мускулатурой, без признаков ожирения, окрасы разнообраз-ны по расцветке и рисунку. Данная порода активно изучалась при создании генетиче-ской базы данных о существующих породах кошек с целью определения породоспеци-фичных тетрануклеотидных STR-локусов для дифференциации пород [1].
Цель и задачи. Цель данного исследования – оценить дифференцирующий по-тенциал SNP-маркеров для определения чистопородности ориентальной коротко-шерстной кошки.
... Ранееенамибылаапоказанавозможностььсиспользованиемданныхполногеномных сиквенсных проектовв коммерческих породд свиней определить наличиее породоспецифичных SNP-маркеров (или SNP-маркеров с высоким дифференцирующим потенциалом) дляя животных ряда пород свинейй и дикого кабанаа [1][2][3]. Использованиее MDR-анализаа (Multifactor Dimensionality Reduction) дляя отбораа изз совокупности потенциально информативных генетических маркеров именно тех, вкладд которыхх наиболеесуществененприрешенииизадачидифференциацииинесколькихгрупп,,показаннв нашихраннихисследованиях [4,5]. ...
Введение. Ориентальная короткошерстная кошка выведена в Великобритании в 1903 году и полностью признана как отдельная порода в 1923 году. Стройная, гибкая кошка с хорошо развитой мускулатурой, без признаков ожирения, окрасы разнообразны по расцветке и рисунку. Данная порода активно изучалась при создании генетической базы данных о существующих породах кошек с целью определения породоспецифичных тетрануклеотидных STR-локусов для дифференциации пород (Menotti-Raymond, M. A. 2012).
Ранее нами была показана возможность с использованием данных полногеномных сиквенсных проектов коммерческих пород свиней определить наличие породоспецифичных SNP-маркеров (или SNP-маркеров с высоким дифференцирующим потенциалом) для животных ряда пород свиней и дикого кабана [1-3]. Использование MDR-анализа (Multifactor Dimensionality Reduction) для отбора из совокупности потенциально информативных генетических маркеров именно тех, вклад которых наиболее существенен при решении задачи дифференциации нескольких групп, показан в наших ранних исследованиях [4,5].
Цель и задачи. Cмоделировать с использованием MDR-анализа панель генетических маркеров, пригодную для дифференциации животных вида Felis silvestris catus ориентальной короткошерстной породы (Oriental Shorthair, ORI) от представителей по-род, Maine Coon Cross (MCC), Siamese (SIA), Burmese (BUR), Napoleon (NAP), Selkirk Rex (SR), Birman (BIR), British Shorthair (BRI), Devon Rex (DEV), Bengal (BEN), Asian domestic cat (ASI), Napoleon (NAP), а также охарактеризовать ее с позиций чувствительности, специфичности и общей точности.
Введение. Бурманская порода кошек является древней породой, представители которой были привезены в Европу в середине 1920-х го-дов. Бурманская кошка характеризуется крепким телосложением, ко-роткой блестящей шерстью, большими округлыми глазами желтого цве-та. Данная порода активно изучалась при создании генетической базы данных о существующих породах кошек с целью определения породо-специфичных тетрануклеотидных STR-локусов для дифференциации пород [1].
Цель и задачи. Цель данного исследование – оценить дифференци-рующий потенциал SNP-маркеров для определения чистопородности бурманской кошки.
Изучен дифференцирующий потенциал 49 SNP для бирманской породы кошек. Показано, что для 9 SNP рассчитанные показатели AUC находятся в диапазоне 0,774–0,940. Полученные результаты биоинформатического анализа будут использованы в MDR-анализе при моделировании панели генетических маркеров для определения чистопородности бирманской породы кошек.
Изучен дифференцирующий потенциал 49 SNP для бенгальской породы кошек. Показано, что для 8 SNP рассчитанные показатели AUC находятся в диапазоне 0,761–0,903. Полученные результаты биоинформатического анализа будут использованы в MDR-анализе при моделировании панели генетических маркеров для определения чистопородности бенгальской породы кошек.
Изучен дифференцирующий потенциал 49 SNP для азиатской короткошерстной породы кошек. Показано, что для 10 SNP рассчитанные показатели AUC находятся в диапазоне 0,699–0,839. Полученные результаты биоинформатического анализа будут использованы в MDR-анализе при моделировании панели генетических маркеров для определения чистопородности азиатской короткошерстной породы кошек.
Цель и задачи. Оценить частоту распространенности полиморфизма H3GA0051814 (rs80981028) на Х-хромосоме (Chr.X:60656889) среди особей дикого кабана и домашней свиньи, как обладающего потенциально высоким дифференцирующим потенциалом для их различения в криминалистике.
ResearchGate has not been able to resolve any references for this publication.