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Desarrollo de un microscopio de epifluorescencia de bajo costo

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Abstract and Figures

The epifluorescence microscopy is a powerful technique with high levels of sensibility and microscopic resolution that is applied in several areas, notably in the biomedical field. In this article, we present the design and development of a low-cost epifluorescence microscope based on laser excitation, a simplified barrier filter, and an embedded system (hardware and software) for digital visualization and control. The proposed prototype uses an absorption barrier filter based on a Rhodamine 6G dye solution (in ethylic alcohol), capable of absorbing effectively the laser excitation radiation and transmitting the fluorescence signal of the sample. The optical magnification of the prototype is around 100X and allows identifying fluorescent microparticles (~10 micro meters). The encouraging results obtained with the prototype, show its viability and potentiality for biomedical applications.
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UPB - INVESTIGACIÓN & DESARROLLO, No. 17, Vol. 1: 5 14 (2017) 5
DOI: 10.23881/idupbo.017.1-1i
INVESTIGACIÓN & DESARROLLO, No. 17, Vol. 1: 5 14 (2017)
ISSN 2518-4431
DESARROLLO DE UN MICROSCOPIO DE EPIFLUORESCENCIA DE BAJO COSTO
DEVELOPMENT OF A LOW-COST EPIFLUORESCENCE MICROSCOPE
Omar Ormachea1 y Alex Villazón2
Centro de Investigaciones Ópticas y Energías (CIOE)1
Centro de Investigaciones de Nuevas Tecnologías Informáticas (CINTI) 2
Universidad Privada Boliviana
oormachea@upb.edu
(Recibido el 02 de mayo 2017, aceptado para publicación el 10 de junio 2017)
RESUMEN
La microscopía de epifluorescencia es una técnica poderosa con altos niveles de sensibilidad y resolución microscópica
que se utiliza en varias áreas, particularmente en el campo biomédico. En este artículo se presenta el diseño y desarrollo
de un microscopio de epifluorescencia de bajo costo basado en una fuente laser de excitación, un filtro barrera
simplificado, y un sistema embebido (hardware y software) para la visualización y el control digital. El prototipo
desarrollado utiliza un filtro barrera por absorción, basado en una solución de Rodamina 6G en alcohol etílico que
absorbe de manera efectiva la radiación del láser de excitación y deja pasar la señal fluorescente de la muestra de
interés. El poder de aumento del microscopio desarrollado es 100X aproximadamente y permite identificar partículas
fluorescentes del orden del 10 m. Los resultados obtenidos con el prototipo desarrollado, muestran su viabilidad para
un potencial uso en aplicaciones biomédicas.
Palabras clave: Microscopía de Epifluorescencia, Sistemas Embebidos, Excitación Láser.
ABSTRACT
The epifluorescence microscopy is a powerful technique with high levels of sensibility and microscopic resolution that
is applied in several areas, notably in the biomedical field. In this article, we present the design and development of a
low-cost epifluorescence microscope based on laser excitation, a simplified barrier filter, and an embedded system
(hardware and software) for digital visualization and control. The proposed prototype uses an absorption barrier filter
based on a Rhodamine 6G dye solution (in ethylic alcohol), capable of absorbing effectively the laser excitation
radiation and transmitting the fluorescence signal of the sample. The optical magnification of the prototype is around
100X and allows identifying fluorescent microparticles (~10 m). The encouraging results obtained with the prototype,
show its viability and potentiality for biomedical applications.
Keywords: Epifluorescence Microscopy, Embedded Systems, Laser Excitation.
1. INTRODUCCIÓN
La Microscopía de Fluorescencia permite estudiar materiales fluorescentes, ya sea de manera natural (materiales
autofluorescentes) o tratados con elementos fluorescentes. La microscopía de fluorescencia es una técnica poderosa con
altos niveles de sensibilidad y resolución microscópica que se utiliza en varias áreas, como ser la petrología de
carbón [1], la identificación de contaminantes en ciencia de materiales [2], la inspección de semiconductores [3], la
ingeniería medio-ambiental (estimación de calidad de agua) [4], y siendo una herramienta muy importante para la
biología celular y el diagnóstico clínico (e.g., inmunología, patología, microbiología) [5-7].
En este artículo se describe el desarrollo de un microscopio de fluorescencia de bajo costo, basado en una fuente de luz
láser y un esquema simplificado de filtraje de la señal de emisión, que, a diferencia de los microscopios de fluorescencia
convencionales, no utiliza espejos dicroicos (cubos para filtros de fluorescencia) ni requiere de filtros de excitación.
Además, el prototipo desarrollado incluye una cámara digital acoplada a un sistema embebido que puede enviar las
imágenes obtenidas a cualquier dispositivo (teléfono inteligente, tableta o computador) de manera inalámbrica.
El resto del artículo está estructurado de la siguiente manera: La Sección 2 presenta el principio de funcionamiento de
un microscopio de epifluorescencia. La Sección 3 describe en detalle el diseño, pruebas preliminares, desarrollo del
prototipo y el software de control y visualización, incluida una estimación de costo. Los resultados obtenidos del poder
de aumento del microscopio desarrollado y la detección de la fluorescencia de micropartículas son presentados en la
Sección 4 y la Sección 5 presenta las conclusiones.
ORMACHEA Y VILLAZÓN
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2. PRINCIPIO DE MICROSCOPÍA DE EPIFLUORESCENCIA
La fluorescencia es un fenómeno de luminiscencia [8], propiedad de ciertos elementos químicos denominados
fluorocromos o fluoróforos. El fluorocromo es utilizado como un marcador colorante fluorescente para crear contraste
en zonas determinadas de elementos de interés (desde simples moléculas hasta microorganismos). El fluoróforo es una
parte de una molécula (fluorocromo, proteína) que tiene propiedad de fluorescencia, i.e. que absorbe fotones con
longitudes de onda cortas y emite fotones con mayores longitudes onda. La Figura 1 muestra el espectro de absorción
de una substancia fluorescente y su respectivo espectro de emisión que está desplazado a mayores longitudes de onda.
Figura 1 - Espectros de absorción y emisión de substancias fluorescentes adaptada de [9].
Los microscopios de epifluorescencia se caracterizan por la formación de imágenes amplificadas, donde la muestra a ser
analizada es iluminada con luz incidente y la luz reflejada es la que forma la imagen. Estos microscopios generalmente
utilizan lámparas halógenas de alta potencia (~300 Watts) de luz blanca. La luz procedente de la fuente, atraviesa un
primer filtro que selecciona la longitud de onda necesaria para excitar al fluorocromo (espectro de absorción). Esta luz
se refleja en un espejo dicroico e incide sobre la muestra, excitando al fluorocromo, el que emite fotones de una
longitud de onda mayor que la luz incidente. La luz emitida (espectro de emisión), atraviesa el espejo dicroico y llega
un segundo filtro que deja pasar únicamente la longitud de onda de emisión del fluorocromo (ver Figura 2).
Figura 2 - Esquema de funcionamiento de un microscopio de epifluorescencia
3. DESARROLLO DEL MICROSCOPIO DE EPIFLUORESCENCIA CON FUENTE LASER
La mayoría de los microscopios de epifluorescencia convencionales utilizan lámparas halógenas de alta potencia, donde
solo una fracción muy pequeña del espectro emitido es utilizada como señal de excitación, lo cual influye en la
intensidad de la señal de fluorescencia (a mayor señal de excitación, mayor contraste y por ende mayor costo). Para
mejorar este esquema ineficiente, puesto que se emplea una lámpara de luz blanca de alta potencia, se propone
reemplazarla por una fuente láser monocromática (más intensa y de menor consumo energético).
DESARROLLO DE UN MICROSCOPIO DE EPIFLUORESCENCIA DE BAJO COSTO
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3.1. Diseño del microscopio
Para el prototipo propuesto, se seleccionó una fuente láser continua de 532 nm (rango visible) de 5mW hasta 100 mW
de potencia regulable, para el cual existe una variedad de fluorocromos que pueden ser excitados con esta longitud de
onda. El esquema propuesto tiene la ventaja de prescindir del filtro de excitación y del espejo dicroico (ambos
elementos ópticos especiales de alto costo), requiriendo sólo del filtro de barrera.
Para el desarrollo del filtro de barrera, se propone utilizar el colorante Rodamina 6G [10] diluido en alcohol etílico. La
Rodamina 6G tiene un pico de absorción de 532 nm que corresponde a la longitud de onda de emisión del láser
propuesto (ver Figura 3). Adicionalmente, la posibilidad de usar diferentes concentraciones en la solución, permite
obtener diferentes densidades ópticas
1
para optimizar el filtraje de la señal de excitación con respecto a la señal de
fluorescencia (contraste).
Figura 3 - Espectro de Absorción de Rhodamine-6G diluida en alcohol etílico,
medido con un espectrómetro Ocean Optics STS-VIS.
En la Figura 4 se observa el esquema completo del microscopio de epifluorescencia propuesto. Este cuenta con las
siguientes partes:
Sistema óptico de amplificación: Está conformado por un objetivo especial focalizable, un ocular acoplado a una
cámara digital de 8MP de un dispositivo embebido RaspberryPi3
2
. La amplificación estimada del microscopio
desarrollado es de 100x a 150x (sin amplificación digital).
Filtro de barrera: El filtro de barrera (cubeta con solución de Rodamina-6G en alcohol etílico) se encuentra delante
del objetivo ocular y permite filtrar completamente la señal de excitación (532 nm).
Sistema de iluminación: Para la focalización del sector de visualización de las muestras (antes de la emisión laser),
se utiliza un LED blanco comercial con control electrónico de intensidad.
Fuente de excitación láser: La fuente de excitación láser está conformada por un controlador electrónico de 12
VDC, un cabezal láser semiconductor (diodo) focalizable que emite en forma continua en una longitud de onda de
532 nm y una potencia máxima de 100 mW.
Sistema electro-mecánico de posicionamiento: Está conformado por un posicionador X-Y de microscopio (X-Y
mechanical stage) para el posicionamiento de muestras en portaobjetos de microscopio convencionales (placas de
vidrio de 75x25mm). Al posicionador X-Y se le adaptó un sistema electro-mecánico de posicionamiento
automatizado basado en 2 motores de paso de alta precisión.
Hardware de visualización y control: El sistema de visualización y control está conformado por un dispositivo
embebido RaspberryPi3 que es un mini-computador completo de tamaño reducido y bajo costo (~35 USD) que
utiliza software abierto. El dispositivo tiene relativo alto poder de procesamiento gracias a un procesador con 4
núcleos ARM-Cortex de 1.2 GHz, lo que permite el procesamiento de imágenes y el desarrollo de aplicaciones
1
La densidad óptica o absorbancia se define como la relación logarítmica entre la intensidad de la luz que incide sobre una muestra y
la intensidad de esa misma luz que es transmitida a través de esa muestra. La absorbancia es proporcional a la concentración de la
sustancia diluida en la muestra.
2
https://www.raspberrypi.org/products/raspberry-pi-3-model-b/
ORMACHEA Y VILLAZÓN
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embebidas. Además, cuenta con puertos analógicos y digitales para la conexión con otros elementos electrónicos
(sensores, motores de paso, etc.), conectores para cámaras de alta definición de 5MP u 8MP e interface Wifi
incorporado.
Software de visualización y control: El software de visualización y control es una aplicación Web, donde la parte
servidor se ejecuta en el dispositivo RaspberryPi3 y la parte cliente se ejecuta en un navegador Web convencional.
La aplicación captura las imágenes de la cámara, las procesa y envía a cualquier dispositivo conectado a la red Wifi
propia controlada por el dispositivo RaspberryPi3. La aplicación Web también permite el control de los motores de
paso, la intensidad del LED blanco y la intensidad del láser. Esto permite utilizar cualquier laptop, tableta o teléfono
inteligente para visualizar y controlar el microscopio desarrollado, utilizando un navegador Web, sin necesidad de
contar con un computador dedicado ni software especial instalado.
Figura 4 - Esquema del dispositivo para microscopia de fluorescencia de bajo costo.
El microscopio de fluorescencia con fuente láser desarrollado puede ser totalmente autónomo en energía, ya que solo se
requiere energía para alimentar el dispositivo RaspberryPi3 (5VDC/2A), el láser (12VDC/0.5A) y el sistema de
posicionamiento (5VDC/1A), para lo cual una batería de litio recargable de 12V es suficiente.
3.2. Pruebas preliminares y desarrollo del filtro barrera
Durante las pruebas preliminares en laboratorio, se montaron los componentes del microscopio de epifluorescencia
propuesto en una mesa óptica en elementos opto-mecánicos de precisión, como muestra la Figura 5(a).
Figura 5 - (a) Microscopio de Fluorescencia con fuente Láser en pruebas de laboratorio, (b)
Pruebas con filtro barrera (solución de Rodamina 6G en cubeta de vidrio) que
absorve completamente la radiación láser (532 nm).
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Para el desarrollo del filtro barrera se utilizó una solución de Rodamina 6G en alcohol etílico en una cubeta de vidrio.
Este filtro barrera tiene un pico de absorción en 532 nm que corresponde a la longitud de onda del láser utilizado como
fuente de excitación (color verde), lo que permite bloquear completamente la señal láser como se observa en la Figura
5(b). La ventaja de utilizar un filtro barrera en una solución es que, si se aumenta la intensidad de la señal de excitación
láser, se puede variar la densidad óptica del filtro cambiando la concentración de Rodamina 6G. Para la obtención de la
densidad óptica óptima que bloquee completamente la radiación láser con una intensidad de 100 mW, se diluyeron
diferentes concentraciones de polvo de Rodamina 6G en alcohol de alta pureza al 99%, encontrando el valor óptimo de
la densidad óptica de 2.8, medido con un espectrómetro Ocean Optics STS-VIS
3
.
En la Figura 6 se muestra los espectros de absorción y emisión característicos de una solución de Rodamina 6G en
alcohol etílico, cuyo ancho espectral de absorción corresponde al rango de 500-550 nm (con un pico de absorción de
532 nm) y ancho espectral de emisión corresponde al rango de 555-585 nm (con un pico de emisión de 566 nm
correspondiente al color anaranjado).
Figura 6 - Espectros de emisión y absorción de una solución de Rodamina 6G en alcohol etílico.
El funcionamiento del microscopio de epifluorescencia propuesto es como sigue:
Se coloca la muestra microscópica de interés que contiene algún fluorocromo o fluoróforo de interés en un
portaobjetos de vidrio y se ilumina con un LED blanco de alto brillo.
Se obtiene la imagen amplificada de la muestra de interés en la mara digital a través del sistema óptico de
amplificación y se procede a la focalización mecánica del objetivo principal del microscopio.
Se procede a insertar el filtro barrera por delante del ocular del microscopio, se desconecta la luz LED y se dispara
el láser hacia la muestra.
La imagen capturada por la cámara en estas condiciones solo detecta la señal fluorescente (de color anaranjado) de
la muestra de interés, filtrando completamente la señal láser de excitación y cualquier otra señal que se encuentre
fuera del rango de transmisión del filtro barrera.
Una vez realizadas las pruebas de laboratorio, se procedió al diseño del prototipo funcional de microscopio de
epifluorescencia propuesto.
3.3. Desarrollo del prototipo funcional
Se construyó un prototipo funcional de microscopía de fluorescencia con fuente láser montado en una estructura
mecánica modular compuesta por accesorios de soporte metálicos que permiten alinear todos los elementos ópticos,
electro-mecánicos, de iluminación, de posicionamiento X-Y y de excitación láser del microscopio. La estructura
metálica tiene peso aproximado de 3Kg y mide 25x25x15cm, haciendo de este dispositivo un elemento robusto y
transportable. Como muestra la Figura 7, todos los elementos del microscopio están ensamblados de manera compacta.
Para reducir la distancia entre el objetivo focalizable y el objetivo ocular (alrededor de 40 cm), se utilizaron dos prismas
para armar un camino óptico en forma de U como muestra la vista superior en la Figura 8 (a) y un tercer prisma para
poder reflejar la imagen de la muestra posicionada de manera horizontal como muestra la vista lateral de la Figura 8 (b).
3
https://oceanoptics.com/product/sts-developers-kit/
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Figura 7 - Prototipo del microscopio de epifluorescencia y aplicación Web de control y visualización.
Figura 8 - (a) vista superior y (b) vista lateral del esquema óptico del microscopio.
3.4. Desarrollo del software de control y visualización
Los microscopios de epifluorescencia comerciales son utilizados generalmente para observación directa a través de los
oculares del microscopio. Algunos microscopios permiten digitalizar las imágenes usando cámaras especiales que
requieren software instalado en un computador externo y se conectan al microscopio por cable (e.g. vía USB). Esto
requiere alineamiento y calibración de la cámara por personal especializado y material electrónico adicional, lo que
resulta en un aumento de costos.
Para evitar la problemática antes mencionada, se implementó una aplicación Web accesible desde cualquier dispositivo
con conexión Wifi (smartphones, tablets, laptops, etc.). La parte servidor de la aplicación Web se ejecuta en el
dispositivo RaspberryPi 3 y se utiliza la antena Wifi integrada en el dispositivo para convertirlo en un punto de acceso
(Access Point) Wifi creando una red local i.e. cuando el dispositivo se inicializa crea una red Wifi propia a la que se
pueden conectar otros dispositivos. Se debe enfatizar que la red local Wifi creada no está conectada a Internet, lo que
permite utilizar el microscopio independientemente de tener a disposición un acceso a Internet.
La ventaja de utilizar un sistema embebido RaspberryPi 3 es su tamaño reducido, antena Wifi incorporada, conector de
cámara digital de alta definición incorporada CSI (Camera Serial Interface), bajo costo y bajo consumo energético. Sin
embargo, estos dispositivos tienen ciertas limitantes en poder de procesamiento, memoria y acceso al flujo de video de
la cámara conectada al dispositivo a través de su puerto CSI. Por ejemplo, para enviar las imágenes capturadas de la
cámara a una página Web, es necesario tener dos procesos separados: uno que lee las imágenes y las procesa para
comprimirlas de su formato original de alta definición al formato JPEG (P1) y el otro que ejecuta el servidor Web (P2).
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Para realizar una comunicación eficiente entre ambos procesos, es necesario evitar que la cámara grabe las imágenes en
el disco duro del dispositivo (tarjeta SD), puesto que la lectura/escritura es lenta. Por esta razón, la aplicación
desarrollada está basada en una arquitectura optimizada de captura de imágenes y envío de flujo de video a una página
Web utilizando la memoria RAM interna del dispositivo, que es mucho más rápida que la tarjeta SD
4
. Para esto, el
proceso P2 ejecuta código que lee directamente la imagen de la cámara a través de la interface MMAL (Multi-Media
Abstraction Layer) y las escribe directamente en memoria compartida RAM (utilizando un fichero virtual). El proceso
P2 lee las imágenes de la memoria compartida y las envía los clientes Web en flujo continuo (i.e. a todo dispositivo
conectado). Asimismo, la aplicación Web permite modificar los parámetros de la cámara (luminosidad, contraste,
autofoco, brillo, etc.) de manera inalámbrica directamente desde cualquier cliente Web.
El control de los motores de paso se realiza directamente desde la aplicación Web de manera inalámbrica. Las
solicitudes de desplazamiento en las coordenadas X-Y del posicionador que contiene al portaobjetos, son enviadas
desde el navegador Web al servidor que se ejecuta en el RaspberryPi a través de un canal de comunicación WebSocket
5
.
El servidor procesa la solicitud y envía los comandos de rotación al controlador electrónico de los motores de paso para
realizar el desplazamiento correspondiente. La Figura 9 muestra el esquema completo de funcionamiento del software
que se ejecuta en el dispositivo embebido RaspberryPi 3, donde se observa la captura y procesamiento de imágenes en
alta definición, la comunicación entre procesos P1 y P2, el envío de imágenes JPEG al cliente Web, y la comunicación
para comandos de control a los motores de paso para el posicionamiento automático.
Figura 9 - Esquema de funcionamiento del software de control y visualización en el dispositivo
embebido RaspberryPi 3.
3.5. Estimación del costo del prototipo
El diseño del prototipo del microscopio de epifluorescencia permite reducir los costos de desarrollo e implementación
gracias al uso de elementos comerciales y de fácil acceso. El costo de los componentes ópticos, electrónicos e insumos
utilizados para la implementación del prototipo propuesto, es de aproximadamente 620 USD (ver detalle en TABLA 1),
que es muy inferior comparado con un microscopio de fluorescencia convencional digital (e.g. Olympus IX53[11],
Motic-BA410 Epi [12]), con costos superiores a los 20.000 USD. Adicionalmente, el prototipo desarrollado tiene la
ventaja de ser un dispositivo portátil, permitiendo su uso en lugares alejados, y también puede ser utilizado para fines
educativos (entrenamiento en óptica médica).
4
http://elinux.org/RPi-Cam-Web-Interface
5
https://socket.io/
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TABLA 1: ESTIMACIÓN DE COSTOS DE COMPONENTES UTILIZADOS PARA EL PROTOTIPO DE
MICROSCOPÍA DE EPIFLUORESCENCIA
Componente utilizado
Cantidad
Costo estimado (USD)
Laser de 100 mW (532 nm)
1
60
RaspberryPi 3 (kit)
1
70
Objetivo Ocular
1
65
Objetivo Focalizable
1
95
Posicionador X-Y
1
20
Cámara RaspberryPi 8MP
1
30
Estructura metálica
1
80
Cubeta de vidrio
1
5
Batería Ion Litio 12VDC
1
30
Rodamina 6G (1 gr)
1
15
Controlador de motor de paso
2
25
Motores de paso
2
30
Prismas
3
75
Accesorios electrónicos
20
TOTAL
620
4. RESULTADOS
Para la caracterización del poder de aumento del microscopio desarrollado, se utilizó un patrón estándar de calibración
de amplificación (microscope calibration slide) que es un portaobjetos de vidrio donde se tiene impresa una escala de
medida métrica correspondiente a 1mm dividido en 100 partes (10-5 m). En la Figura 10a se observa la captura de
imagen del patrón de escala obtenida directamente por el microscopio, en la Figura 10b la comparación de la imagen
original (sin zoom digital) con una regla de 10 cm, confirmando que la amplificación óptica del microscopio
corresponde a 100x. Adicionalmente, la aplicación Web permite realizar una amplificación digital adicional de 3x.
Figura 10 - Caracterización del poder de aumento del microscopio desarrollado 100x (a) imagen
con un patrón de referencia de tipo microscope calibration slide (0.01 mm) y (b)
comparación de la imagen sin zoom digital con una regla de 10 cm.
Para la validación del prototipo se utilizaron partículas microscópicas de Rodamina 6G por sus características ópticas de
absorción y fluorescencia, i.e. la Rodamina 6G diluida es utilizada como filtro barrera, y la Rodamina 6G en polvo es
utilizada como fluoróforo de muestreo, ya que tiene un pico de absorción máximo en 532 nm (que corresponde a la
fuente láser de excitación del dispositivo) y un rango de emisión fluorescente de 555-585 nm correspondiente al color
anaranjado (ver Figura 6). Las partículas de polvo de Rodamina 6G fijadas en un portaobjetos de vidrio, fueron
observadas con el microscopio desarrollado, con y sin excitación láser. La Figura 11a muestra una imagen amplificada
por el microscopio únicamente iluminada con un LED blanco, donde se observan partículas dispersas, sin poder
identificar aquellas de Rodamina 6G. Una vez la fuente de láser activada, claramente se observan partículas
fluorescentes de Rodamina 6G de diferentes tamaños y fluorescencia anaranjada, como muestra la Figura 11b,
confirmando que el filtro barrera bloquea completamente la radiación verde característica del láser de excitación y
dejando pasar la luz de emisión de fluorescencia del fluoróforo utilizado.
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Figura 11 - Imagenes capturadas con el microscopio de epifluorescencia de particulas solidas de
Rodamina 6G (a) sin excitación láser y (b) con excitación láser (fluorescencia en
color anaranjado).
Una vez identificadas las partículas fluorescentes del fluoróforo, se procedió a estimar las dimensiones de las mismas.
En la Figura 12 se observan partículas de dimensiones del orden los 50 m (1) y de 10 m (2), sin fluorescencia Figura
12 (a) y con fluorescencia Figura 12 (b). Esta medición, confirma que el prototipo desarrollado, permite la
identificación de partículas fluorescentes, de hasta 10 m.
Figura 12 - Resolución del microscopio de epifluorescencia de particulas
solidas de Rodamina 6G (a) sin excitación láser y (b) con
excitación láser (fluorescencia en color anaranjado).
Los resultados obtenidos en la detección de fluorescencia y el poder de aumento del microscopio desarrollado, muestran
su viabilidad para su uso en aplicaciones biomédicas. Un ejemplo de aplicación posible, es el conteo de células o
bacterias marcadas con fluorocromo [13, 14] que se podría realizar haciendo un barrido en X-Y de la muestra,
utilizando el sistema de posicionamiento automático y procesamiento de imágenes para identificación de objetos,
obteniendo resultados similares a los de un citómetro. Otro ejemplo de posible aplicación, es la detección de parásitos
del Trispanosoma Cruzi (T. cruzi), causante de la enfermedad del Mal de Chagas, para el cual se utiliza técnicas de
inmuno-fluorescencia indirecta (IFI) [15]. Si bien el microscopio propuesto no permitiría observar los parásitos en
detalle (con un tamaño del orden de los 10-20 m), la detección de fluorescencia bastaría para confirmar la presencia de
agentes infecciosos y así diagnosticar casos positivos de Mal de Chagas.
5. CONCLUSIONES
En el presente trabajo se logró desarrolló un prototipo funcional de un microscopio de epifluorescencia portátil de bajo
costo. A diferencia de microscopios de epifluorescencia convencionales, el prototipo desarrollado utiliza una fuente de
excitación láser compacta, monocromática (532 nm) y de alta intensidad, evitando así el uso de filtros de excitación.
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14 UPB - INVESTIGACIÓN & DESARROLLO, No. 17, Vol. 1: 5 - 14 (2017)
Asimismo, en la parte de la generación de imágenes fluorescentes, el sistema de filtraje fue simplificado al utilizar un
filtro barrera por absorción basado en una solución de Rodamina 6G, a diferencia de los microscopios convencionales
que utilizan cubos para filtros de fluorescencia con espejos dicroicos de costos elevados. La solución de Rodamina 6G
en alcohol etílico utilizada es altamente absorbente para la longitud de onda del láser de excitación, obteniéndose una
densidad óptica óptima de 2.8 para la potencia de láser de 100 mW utilizado. El poder de aumento del microscopio
desarrollado es de 100x, estimada con un patrón estándar de calibración (microscope calibration slide). La validación
del prototipo se realizó utilizando partículas microscópicas fluorescentes de Rodamina 6G, donde se lograron identificar
partículas fluorescentes de hasta 10 m.
El prototipo desarrollado cuenta con un sistema de control y visualización simplificado, basado en un dispositivo
embebido RaspberryPi3 que ejecuta una aplicación Web que permite enviar un flujo de video capturado por la cámara
del microscopio a cualquier dispositivo conectado a una red local Wifi propia del RaspberryPi3. Adicionalmente, la
aplicación Web permite controlar de manera inalámbrica los parámetros de la cámara (luminosidad, contraste, autofoco,
brillo, etc.) y sistema de posicionamiento electro-mecánico del portaobjetos que contiene la muestra a ser analizada.
Los resultados obtenidos muestran la viabilidad de uso del prototipo del microscopio desarrollado para aplicaciones en
biomedicina para la detección de enfermedades infeccionas a través de la técnica de inmuno-fluorescencia indirecta
(IFI), por ejemplo para la detección del Mal de Chagas.
6. AGRADECIMIENTOS
Los autores agradecen la colaboración de Grover Zurita, investigador de la Universidad Privada Boliviana, en el diseño
y construcción de la parte mecánica del prototipo.
7. BIBLIOGRAFÍA
[1] J. C. Crellin, «Current uses of fluorescence microscopy in coal petrology,» Journal of Microscopy, Vol. 132, Nº 3,
pp. 251-266, 1982.
[2] A. Rodriguez, M. San Miguel, L. Escudero, V. Ruiz de Argandoña, L. Suarez del Rio «Aplicación de la microscopía
óptica de fluorescencia al estudio textural del clinker de cemento portland,» Materiales de Costrucción, Vol. 37,
Nº 205, pp. 17-22, 1987.
[3] P. M Farias, B. S. Santos, A. Fontes, and C. L. Cesar, «Semiconductor nanocrystals and fluorescence microscopy in
biological labeling,» Microscopy, Vol. 1, pp. 840-847, 2007.
[4] J.E. Hobbie, R.J. Daley, and S.Jasper, «Use of nucleopore filters for counting bacteria by luorescence microscopy
Applied Environmental Microbiology, Vol. 33, Nº 5, pp. 1225-1228, 1977.
[5] H. R. Petty, « Fluorescence microscopy: established and emerging methods, experimental strategies, and
applications in immunology Microscopy research and technique, Vol. 70, Nº 8, pp. 687-709, 2007.
[6] M. Ragazzi et. al., «Fluorescence confocal microscopy for pathologists Modern Pathology, Vol. 27, pp. 460-471,
2014.
[7] Z. Gitai, « New Fluorescence Microscopy Methods for Microbiology: Sharper, Faster, and Quantitative Current
Opinion in Microbiology, Vol. 12, Nº 3, pp. 341-346, 2009.
[8] J. R. Lakowicz, Principles of Fluorescence Spectroscopy, Springer Science & Business Media, 2007
[9] W. A. Shirley, C. Handley, S. Bryant and M. Hall, «Quantitation of Immunoglobulin E Using Fluorescence Assay,»
The Chemist, Vol. 82, Nº 2, pp. 1-7, 2014.
[10] R. Vogel, P. Meredith, M.D. Harvey, H. Rubinsztein-Dunlop, «Absorption and fluorescence spectroscopy of
Rhodamine 6G in titanium dioxide nanocompositesSpectrochimica Acta Part A, Vol. 60, pp. 245-249, 2004.
[11] Olympus Corporation, « Microscopio invertido IX53 Microscopio invertido modular para trabajos de rutina
2017. [On-line]. Available: http://www.olympus-lifescience.com/es/microscopes/inverted/ix53/ [Last access: may
2017].
[12] Motic, « Microscopio invertido BA410 Epi,» 2017. [On-line]. Available:
http://www.motic.com/Am_Accessories_LS_Fluore/view_666.html [Last access: may 2017].
[13] J. Lojk, U. Čibej, D. Karlaš, L. Šajn, M. Pavlin, « Comparison of Two Automatic Cell-counting Solutions for
Fluorescent Microscopic Images,» Journal of Microscopy, Vol. 260, Nº 1, pp. 5343-5348, 2004.
[14] J. T. Lisle, M. A. Hamilton, A. R. Willse, and G. A. McFeters, « Comparison of Fluorescence Microscopy and
Solid-Phase Cytometry Methods for Counting Bacteria in Water,» Applied and Environmental Microbiology, Vol.
70, Nº 9, pp. 107-116, 2015.
[15] C. Enciso, et.al., «Comparación de la prueba de inmunofluorescencia indirecta, un inmunoensayo enzimático y la
prueba comercial Chagatek® para la detección de anticuerpos anti- Trypanosoma cruzi,» Biomédica, Vol. 24, Nº
1, pp. 104-108, 2004.
... Low-cost fluorescence microscopy [3][4][5][6][7][8][9][10] raises several challenges, mainly in the optical system, which requires special filtering of the light sources (e.g., LEDs or lasers) used to excite the fluorophores, while keeping the filtering system affordable, notably avoiding the use of costly fluorescence microscope cubes from conventional fluorescence microscopy (based on dichroic mirrors and special filters). ...
... In [9] a low-cost fluorescence microscope is used to detect Mycobaterium tuberculosis, using auramine fluorophore [13], which reduces the required 1000× magnification for conventional nonfluorescence techniques to only 400×. Unfortunately, because of the complexity of the optical filtering system, other low-cost fluorescence microscopes [3][4][5][6][7][8]10] do not reach the required magnification for the diagnosis of 400×: they are either a proof-of-concept (used to identify fluorescent particles) or are limited to the visualization of cells, but cannot be used for diagnosis. ...
... The development of low-cost microscopes has attracted a large body of researchers [3][4][5][6][7][8]21], thus giving an affordable alternative for developing countries due to the high costs of conventional microscopes. In [30], more than 20 types of low-cost microscopes were analyzed and reviewed, where some of them use smartphones as their optical sensor. ...
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Fluorescence microscopy is an important tool for disease diagnosis, often requiring costly optical components, such as fluorescence filter cubes and high-power light sources. Due to its high cost, conventional fluorescence microscopy cannot be fully exploited in low-income settings. Smartphone-based fluorescence microscopy becomes an interesting low-cost alternative, but raises challenges in the optical system. We present the development of a low-cost inverted laser fluorescence microscope that uses a smartphone to visualize the fluorescence image of biological samples. Our fluorescence microscope uses a laser-based simplified optical filter system that provides analog optical filtering capabilities of a fluorescence filter cube. Firstly, we validated our inverted optical filtering by visualizing microbeads labeled with three different fluorescent compounds or fluorophores commonly used for disease diagnosis. Secondly, we validated the disease diagnosis capabilities by comparing the results of our device with those of a commercial fluorescence microscope. We successfully detected and visualized Trypanosoma cruzi parasites, responsible for the Chagas infectious disease and the presence of Antineutrophil cytoplasmic antibodies of the ANCA non-communicable autoimmune disease. The samples were labeled with the fluorescein isothiocyanate (FITC) fluorophore, one of the most commonly used fluorophores for disease diagnosis. Our device provides a 400× magnification and is at least one order of magnitude cheaper than conventional commercial fluorescence microscopes.
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Fluorescence microscopy is an important tool for disease diagnosis, often requiring costly optical components, such as fluorescence filter cubes and high-power light sources. Due to its high cost, conventional fluorescence microscopy cannot be fully exploited in low-income settings. Smartphone-based fluorescence microscopy becomes an interesting low-cost alternative, but raises challenges in the optical system. We present the development of a low-cost inverted laser fluorescence microscope, that uses a smartphone to visualize the fluorescence image of biological samples. Our fluorescence microscope uses a laser-based simplified optical filter system, that provides analog optical filtering capabilities of a fluorescence filter cube. Firstly, we validated our inverted optical filtering by visualizing microbeads labeled with three different fluorescent compounds or fluorophores, commonly used for disease diagnosis. Secondly, we validated the disease diagnosis capabilities, by comparing the results of our device with those of a commercial fluorescence microscope. We successfully detected and visualized Trypanosoma cruzi parasites, responsible of the Chagas infectious disease, and the presence of Antineutrophil cytoplasmic antibodies of the ANCA non-communicable autoimmune disease. The samples were labeled with the fluorescein isothiocyanate (FITC) fluorophore, one of the most commonly used for disease diagnosis. Our device provides a 400 X magnification and is at least two orders magnitude cheaper than conventional commercial fluorescence microscopes.
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Cell counting in microscopic images is one of the fundamental analysis tools in life sciences, but is usually tedious, time consuming and prone to human error. Several programs for automatic cell counting have been developed so far, but most of them demand additional training or data input from the user. Most of them do not allow the users to online monitor the counting results, either. Therefore, we designed two straightforward, simple-to-use cell-counting programs that also allow users to correct the detection results. In this paper, we present the Cellcounter and Learn123 programs for automatic and semiautomatic counting of objects in fluorescent microscopic images (cells or cell nuclei) with a user-friendly interface. Although Cellcounter is based on predefined and fine-tuned set of filters optimized on sets of chosen experiments, Learn123 uses an evolutionary algorithm to determine the adapt filter parameters based on a learning set of images. Cellcounter also includes an extension for analysis of overlaying images. The efficiency of both programs was assessed on images of cells stained with different fluorescent dyes by comparing automatically obtained results with results that were manually annotated by an expert. With both programs, the correlation between automatic and manual counting was very high (R(2) < 0.9), although Cellcounter had some difficulties processing images with no cells or weakly stained cells, where sometimes the background noise was recognized as an object of interest. Nevertheless, the differences between manual and automatic counting were small compared to variations between experimental repeats. Both programs significantly reduced the time required to process the acquired images from hours to minutes. The programs enable consistent, robust, fast and accurate detection of fluorescent objects and can therefore be applied to a range of different applications in different fields of life sciences where fluorescent labelling is used for quantification of various phenomena. Moreover, Cellcounter overlay extension also enables fast analysis of related images that would otherwise require image merging for accurate analysis, whereas Learn123's evolutionary algorithm can adapt counting parameters to specific sets of images of different experimental settings. © 2015 The Authors Journal of Microscopy © 2015 Royal Microscopical Society.
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Se prcsenta la útit¡dad de la ñtcrcscapia ópt¡ca de llüates.encia para etestud¡o textural det clinker de ceñen¡a Pa land espec¡almerre s, porosidád se canenlan los lundañentas y ñódahdades de lalécn¡ca. y se desct¡be et ñétado tecanendada de prepaación de núestrás Lá ul¡hzac¡ón de la norcscop¡a de l¡uotescenc¡a Oetñ¡le un eslud¡ó ñás láctl de ta potosidad, obleniéndose tñágenes ñúy áptóptadas pañ su.uanttf¡cación ne.l¡anle ¡écnicas aulañalizadas. Adenás,las muesttas pata uotescencia pueden ser esludtadas cóñpleñentatianente por m¡croscapia Ópt¡ca .1e palatizac¡ón pat luz téfletáda. SUMAIARY fhe appiicat¡on al l¡uotescence hghl ñictoscopy ¡n the tex¡utal slúdy al Pattland cement cl¡nker, spec¡atly ils pabsily, ¡s presented Pr¡nc¡ples ancl tyoes ol the technique ate cañenled ahd the suggested sampie pteparal¡on nethad ¡s desctibed fhé use óf flúarescénce ñtctóscópy allows an eas¡et study ol the c|¡nket porcs¡ty, and vety pñpet ¡ñages fot automated quant¡l¡catlon can be ob¡a,ned Aesides, rhe sáñptes can aisa be abserved by r ef I e cle.l-l i I hl p o I a t ¡ z iñ o ñ t cr óscó Dy. INTRODUCCION La técnica microscópica más uiilizada para el estudio del clínkef de cemento Portland es la de polarizaclóñ. No obstante, para el estudio de determinados aspectos pueden aplicarse otras técnicas más específicas, con as que se cons¡gue una ¡nlormacióñ más detallada. En concreto, la microscopía óptica de I uorescencia resulta especialmente indicada para a observación de a porosldad. La mporlancia de esla caracterísl¡ca textural ha s do puesta de relieve por numerosos autores, como por ejemplo [1] y I2l, puesto que puede obtenerse ¡nformación muy útil, ianto sobre el proceso de fat¡ricac ón del clínker, como sobre ciertas propiedades del mismo, especialmente su molturabilidad. La mlcroscopía de f uo¡escencia ha sldo utilizada en ocasiones por algunos autores para e estudio texlural del hormiqón [3], y del clínker de cemento Portland I4l.
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Chagas disease is a public health problem in Colombia, particularly in the eastern region. Because of human migration from rural areas to urban centers, the possibility of transfusional transmission becomes increasingly important. However the risk can be minimized by a careful screening of blood donors by means of serological tests. Colombian blood banks use comercial, foreign serological tests for screening for T. cruzi infection. The purpose of the current study was to compare the IFAT and ELISA tests (both use antigen obtained from Colombian strains) with the comercially available Chagatek® tests. Sera of blood donors were classified in two groups on the basis of the IFAT: group I, 15 positive patients and group II, 14 negative patients. Sera from each group were tested by the ELISA and Chagatek® tests. The ELISA test detected 100% of the patients as positive in group I and 7% (1/14) of patients as positive in group II. The Chagatek® test detected 93% (14/15) of the patients as positive in group I and 50% (7/14) in group II. The kappa index for concordance between the ELISA and IFAT tests was 0.93 (95% C.I.: 0.80-1.00); between IFAT and Chagatek® 0.43 (95% C.I.: 0.26- 0.62), and between ELISA and Chagatek® 0.49 (95% C.I.: 0.31-0.67). These results highlighted the importance of using autochtonous Colombian strains as antigens in screening tests for blood donors.
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Polycarbonate Nuclepore filters are better than cellulose filters for the direct counting of bacteria because they have uniform pore size and a flat surface that retains all of the bacteria on top of the filter. Although cellulose filters also retain all of the bacteria, many are trapped inside the filter where they cannot be counted. Before use, the Nuclepore filters must be dyed with irgalan black to eliminate autofluorescence. Direct counts of bacteria in lake and ocean waters are twice as high with Nuclepore filters as with cellulose filters.
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Total direct counts of bacterial abundance are central in assessing the biomass and bacteriological quality of water in ecological and industrial applications. Several factors have been identified that contribute to the variability in bacterial abundance counts when using fluorescent microscopy, the most significant of which is retaining an adequate number of cells per filter to ensure an acceptable level of statistical confidence in the resulting data. Previous studies that have assessed the components of total-direct-count methods that contribute to this variance have attempted to maintain a bacterial cell abundance value per filter of approximately 10(6) cells filter(-1). In this study we have established the lower limit for the number of bacterial cells per filter at which the statistical reliability of the abundance estimate is no longer acceptable. Our results indicate that when the numbers of bacterial cells per filter were progressively reduced below 10(5), the microscopic methods increasingly overestimated the true bacterial abundance (range, 15.0 to 99.3%). The solid-phase cytometer only slightly overestimated the true bacterial abundances and was more consistent over the same range of bacterial abundances per filter (range, 8.9 to 12.5%). The solid-phase cytometer method for conducting total direct counts of bacteria was less biased and performed significantly better than any of the microscope methods. It was also found that microscopic count data from counting 5 fields on three separate filters were statistically equivalent to data from counting 20 fields on a single filter.
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Confocal microscopy is a non-invasive method of optical imaging that may provide microscopic images of untreated tissue that correspond almost perfectly to hematoxylin- and eosin-stained slides. Nowadays, following two confocal imaging systems are available: (1) reflectance confocal microscopy, based on the natural differences in refractive indices of subcellular structures within the tissues; (2) fluorescence confocal microscopy, based on the use of fluorochromes, such as acridine orange, to increase the contrast epithelium-stroma. In clinical practice to date, confocal microscopy has been used with the goal of obviating the need for excision biopsies, thereby reducing the need for pathological examination. The aim of our study was to test fluorescence confocal microscopy on different types of surgical specimens, specifically breast, lymph node, thyroid, and colon. The confocal images were correlated to the corresponding histological sections in order to provide a morphologic parallel and to highlight current limitations and possible applications of this technology for surgical pathology practice. As a result, neoplastic tissues were easily distinguishable from normal structures and reactive processes such as fibrosis; the use of fluorescence enhanced contrast and image quality in confocal microscopy without compromising final histologic evaluation. Finally, the fluorescence confocal microscopy images of the adipose tissue were as accurate as those of conventional histology and were devoid of the frozen-section-related artefacts that can compromise intraoperative evaluation. Despite some limitations mainly related to black/white images, which require training in imaging interpretation, this study confirms that fluorescence confocal microscopy may represent an alternative to frozen sections in the assessment of margin status in selected settings or when the conservation of the specimen is crucial. This is the first study to employ fluorescent confocal microscopy on surgical specimens other than the skin and to evaluate the diagnostic capability of this technology from pathologists' viewpoint.Modern Pathology advance online publication, 13 September 2013; doi:10.1038/modpathol.2013.158.
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Fluorescence analysis of the liptinite maceral content of various U.S. coal seams has shown that these macerals are consistently under-counted in conventional white-light analysis. Fluorescence analysis revealed a greater variety of liptinite macerals as well as a large amount of fluorescing vitrinite in all of the coals studied. However, pseudovitrinite was not observed to fluoresce. Textures and structures not visible in normal viewing are also seen in fluorescence analysis. Quantitative spectral analysis of single coals has shown that most liptinite macerals can be both petrographically and statistically separated on the basis of fluorescence parameters, with the wavelength at maximum intensity and the red/green quotient being the most significant. In coals of the Illinois Basin, one or more forms of fluorinite, resinite, sporinite and cutinite can be distinguished. As the rank of the coal increases, the fluorescence intensity decreases and the spectral maxima shift toward longer wavelengths. In some Rocky Mountain coals these effects occur at a much lower rank (<0.85% reflectance) than in the coals of the Appalachian Basin. Similar changes in fluorescence properties have also been found in naturally weathered coals. Fluorescence analysis of resinite-rich Rocky Mountain coals has shown that two major forms of resinite are present; one is the ‘normal’ resinite, and the other is a much more abundant fissure-filling resinite that carries coal xenoliths, shows flow structure, and has a spectral maximum well below that of the ‘normal’ resinite.
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In addition to the inherent interest stemming from their ecological and human health impacts, microbes have many advantages as model organisms, including ease of growth and manipulation and relatively simple genomes. However, the imaging of bacteria via light microscopy has been limited by their small sizes. Recent advances in fluorescence microscopy that allow imaging of structures at extremely high resolutions are thus of particular interest to the modern microbiologist. In addition, advances in high-throughput microscopy and quantitative image analysis are enabling cellular imaging to finally take advantage of the full power of bacterial numbers and ease of manipulation. These technical developments are ushering in a new era of using fluorescence microscopy to understand bacterial systems in a detailed, comprehensive, and quantitative manner.
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A comparison has been made between the spectroscopic properties of the laser dye rhodamine 6G (R6G) in mesostructured titanium dioxide (TiO(2)) and in ethanol. Steady-state excitation and emission techniques have been used to probe the dye-matrix interactions. We show that the TiO(2)-nanocomposite studied is a good host for R6G, as it allows high dye concentrations, while keeping dye molecules isolated, and preventing aggregation. Our findings have important implications in the context of solid state dye-lasers and microphotonic device applications.