Se conocen 2 variedades de Cryptococcus neoformans y 5 serotipos: Cryptococcus neoformans var. neoformans (serotipos A, D y AD), usualmente aislados a partir de muestras clínicas, encontrándose Cryptococcus neoformans var. neoformans serotipo A, con mayor incidencia en pacientes con SIDA; Cryptococcus neoformans var. gattii (serotipos B y C), los cuales son aislados menos frecuentemente, principalmente en pacientes VIH seronegativos y excepcionalmente han sido asociados con SIDA.