Полиморфизм генов TOLL-подобных рецепторов крупного рогатого скота в России

Abstract

Применен разработанный ранее подход для скрининга полиморфизмов в генах TLR на представительном наборе образцов из исторических и современных пород крупного рогатого скота России. Алгоритм эксперимента включал в себя этапы получения перекрывающихся продуктов амплификации из кодирующих областей всех десяти генов TLR, последующей очисткой и нормализацией данных. В то время как антибактериальная группа TLR состояла из TLR1,-2,-4,-5 и-6, то противовирусная группа представляла собой TLR3,-7,-8,-9 и-10. Для анализа использованы как быки, так и коровы. Объединенные образцы, содержащие эквимолярные концентрации ампликонов, полученных из объединенной геномной ДНК, секвенированы на платформе PacBio. Выявленные структурные варианты TLR аннотированы в соответствии с их биологическим значением. Найдены новые и уже идентифицированные сайты изменчивости, ранее аннотированные и документированные в dbSNP. TLR (toll-like receptors, TLR) представляют собой ключевую часть системы иммунитета, ответственную за распознавание микроорганизмов и нуклеиновых кислот вирусов, ассоциированных с заболеваниями и расстройствами крупного рогатого скота. TLR относятся к типу клеточных рецепторов с трансмембранным фрагментом, которые распознают консервативные паттерны (pattern-recognition receptors, PRR). Предполагается, что изучение изменчивости генов TLR будет способствовать селекции по увеличению устойчивости современных пород крупного рогатого скота к возникающим в их популяциях инфекциям. Для дальнейшего изучения генетической структуры и изменчивости кодируемых генами TLR, требуется использование данных о естественных частотах встречаемости SNP в этих генах в популяциях.