Le processus de définition des références comporte trois étapes. Les deux premières sont communes à toutes les démarches d'évaluation des pratiques professionnelles : recherche de thèmes dont l'évaluation est pertinente et sélection des situations cliniques pour lesquelles des recommandations sont disponibles. L'étape de sélection de références adaptées à la traduction sous forme d'indicateurs est spécifique à la méthode des indicateurs.